Atunci cand bacteriile si virusurile sunt inghitite de celulele albe din sange, se poate dezvolta o infectie minora a amigdalelor. Aceasta infectie stimuleaza ulterior sistemului imunitar sa produca anticorpi impotriva infectiilor viitoare.

Uneori, amigdalele nu fac fata infectiei bacteriene sau virale si se umfla, devenind inflamate. Rezultatul e amigdalita. Amigdalita virala dureaza de obicei 4 pana la 10 zile; amigdalita bacteriana dureaza ceva mai mult. Daca simptomele include dureri in gat, febra de peste 38.3 °C si ganglioni inflamati, infectia poate fi cauzata de streptococi.

O serie de virusuri pot produce amigdalita, inclusiv virusul Epstein-Barr. Acesta e acelasi virus care produce mononucleoza infectioasa. Anumite tulpini de bacterii pot produce de asemenea amigdalita. Cea mai comuna vinovata este aceeasi bacterie care produce durerile de gat streptococice. Ea este Streptococcus pyogenes, sau streptococul de grup A beta-hemolitic. Contactul intim cu o persoana infectata este factorul cel mai mare de risc pentru amigdalita. Virusurile si bacteriile tind sa infloreasca acolo unde oamenii – si in special copii — sunt in contact apropiat pentru cateva ore in fiecare zi, de pilda la scoala sau la gradinita.