In general, abcesele pulmonare sunt provocate de o mare varietate de microorganisme, astfel incat intr-un singur abces poate fi intalnita o flora polimorfa (mai multe specii diferite intre ele).

Germenii anaerobi (se dezvolta in absenta oxigenului) predomina, mai ales in cazurile unde procesul supurativ are ca mecanism patogenic aspiratia propriilor secretii. In abcesele pulmonare primitive, flora bacteriana izolata din sputa purulenta contine in 80-90% din cazuri bacterii anerobe, apartinand florei cavitatii bucale.

Germenii aerobi (se dezvolta in prezenta oxigenului) implicati cel mai frecvent in supuratiile pulmonare sunt Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas, Enterobacter. Staphylococcus aureus poate infecta tractul respirator in special dupa gripa la indivizi anterior sanatosi; se afla pe primul loc ca agent etiologic in abcesele pulmonare la copii. Etiologia tuberculoasa a supuratiilor pulmonare trebuie cautata in particular la pacientii din zonele cu endemie inalta a tuberculozei sau care au antecedente si/sau sechele pulmonare de tuberculoza.

La noi in tara,in cazul bolnavilor cu abcese pulmonare s-au izolat predominant anaerobi (37,5%) sau asocieri anaerobi + Haemophillus influenzae (12,5%), Haemophillus influenzae (16,7%), precum si Klebsiella pneumoniae si Pseudomonas, fiecare cate 18,2%. Frecventa crescuta a izolarii Haemophillus influenzae ar putea fi explicata prin colonizarea cronica prezenta la unii bolnavi cu acest germen, el nefiind intotdeauna apreciat ca patogen.