La femei, BTS pot cauza o infectie serioasa a uterului si trompelor uterine (organele reproductive) numitǎ boala inflamatorie pelvina (BIP). BIP poate cauza tesut cicatriceal care blocheazǎ trompele uterine ducand la sarcina ectopica, abcese pelviene sau durere pelvianǎ cronica. BTS la femeile gravide poate cauza probleme cum ar fi : avortul spontan, greutate mica la nastere, nastere prematura, infectii la nou nascut cum ar fi pneumonia, infectii oculare, sau probleme ale sistemului nervos.

Riscurile specifice ale barbatilor cu boli cu transmitere sexuala includ infectia si inflamatia epididimului (epididimita), uretrei si prostatei. Acestea pot duce la sterilitate (incapacitatea de a concepe copii).