Daca nu se trateaza, infectiile cu chlamidia pot evolua producand serioase probleme de reproducere si alte probleme de sanatate cu consecinte atat pe termen scurt cat si pe termen lung.

La femei, infectia netratata se poate raspandi in uter sau in trompele uterine si poate cauza sindromul inflamator pelvin (SIP). Acest lucru se intampla la pana la 40% din femeile cu chlamidia (clamidia) netratata. Sindromul inflamator pelvin poate cauza lezarea permanenta a trompelor uterine, a uterului si tesuturilor inconjuratoare. Leziunea poate conduce la durere pelvina cronica, infertilitate si sarcina extrauterina, potential mortala (sarcina in afara uterului). Femeile infectate cu clamidia sunt de pana la cinci ori mai susceptibile de a se infecta cu HIV daca sunt expuse.

Clamidia la barbati se poate intinde la testicule cauzand epididimita care poate duce la sterilitate. Microbul clamidiei se poate raspandi si la prostata. Prostatita poate duce la durere in timpul sau dupa contactul sexual, febra si frisoane , urinare dureroasa si dureri de spate in zona inferioara. Daca practicati sexul anal, clamidia poate cauza inflamare rectala. Aceasta poate duce la durere rectala si scurgeri de mucus.

Atingerea ochilor cu o mana infestata de secretii infectate poate cauza infectari ale ochiului cum ar fi conjunctivita . Lasata netratata, infectia oculara poate duce la orbire.

Clamidia poate produce si sindromul Reiter ( leziuni ale pielii si inflamatii ale ochiului si uretrei ), in special la barbatii tineri .

Jumatate din nou-nascutii din mame cu clamidia se vor naste cu aceasta boala. Clamidia poate afecta fatul cauzand avort spontan, nastere prematura, orbire si pneumonie.

Pentru a ajuta la prevenirea consecintelor serioase ale clamidiei, testarea cel putin anuala pentru clamidia este recomandata pentru toate femeile active sexual in varsta de 25 de ani si mai tinere . Toate femeile gravide trebuie sa faca analize pentru clamidia.