Nu exista tratament care sa eradicheze infectia cu HPV astfel ca singurul tratament este de a inlatura leziunile cauzate de virus. Din pacate, nici chiar inlaturarea negilor nu impiedica neaparat raspandirea virusului si negii genitali reapar frecvent. Nici unul din tratamentele care exista nu este ideal sau net superior altora.
Un tratament ce poate fi aplicat de pacient este o solutie de 0.5 % sau gel de podofilox (podophyllotoxin). Acest medicament se aplica pe negi de doua ori pe zi timp de 3 zile urmat de 4 zile fara tratament. Tratamentul trebuie continuat pana la 3-4 saptamani sau pana cand leziunile dispar. Podofilox se poate aplica si o data la doua zile timp de 3 saptamani. Alternativ, o crema cu 5% imiquimod (o substanta care stimuleaza productia corpului de citokine, substante chimice care directioneaza si intaresc raspunsul imunologic) se aplica similar de catre pacient de trei ori pe saptamana la culcare si apoi se spala cu sapun si apa, la 6-10 ore de la aplicare. Aplicatiile se repeta pana la 16 saptamani sau pana cand leziunile dispar.
Numai un medic cu experienta poate executa unele din tratamentele pentru negii genitali. Acestea includ, de exemplu, aplicarea unei cantitati mici de solutie 10-25% de rasina de podofilina pe leziuni, si apoi, dupa o perioada de cateva ore, se spala. Tratamentele se repeta saptamanal pana cand negii genitali dispar. O solutie de 80-90% de acid tricloroacetic sau acid bicloroacetic se poate de asemenea aplica saptamanal de catre medic, pe leziuni. Injectarea de gel cu 5- fluorouracil epinefrina in leziuni s-a demonstrat a fi de asemenea eficienta in tratarea negilor genitali.
Interferonul alpha, o substanta care stimuleaza raspunsul imunitar al organismului, a fost si el folosit in tratarea negilor genitali. Regimurile de tratament cer injectii cu interferon in leziune o data la doua zile, pe o perioada de 8-12 saptamani.

Chirurgical
Interventia chirurgicala poate fi necesara pentru inlaturarea negilor mai mari, negi care nu raspund la medicatii sau, daca sunteti gravida, negii la care copilul poate fi expus in timpul nasterii. Optiunile chirurgicale includ :
Inghetarea cu azot lichid (crioterapie). Inghetarea lucreaza prin producerea unei pojghite care se formeaza in jurul negului. Pe masura ce pielea se vindeca, leziunile se desprind lasand sa apara pielea cea noua. S-ar putea sa aveti nevoie sa repetati tratamentele crioterapeutice.
Electrocauterizarea. Aceasta procedura foloseste curentul electric pentru a arde negii.
Excizia chirurgicala. Medicul poate utiliza instrumente speciale pentru a extirpa negii. Veti avea nevoie de anestezie locala pentru acest tratament.
Tratamentele cu laser. Aceasta abordare poate fi scumpa si de regula este rezervata negilor foarte extinsi si celor care raspund greu la tratament.

Tratamentul modificarilor precanceroase (displazia) ale cervixului legate de infectia cu HPV.
Femeile care prezinta modificari, de la moderat la sever, in colul uterin, necesita tratament pentru a se asigura ca aceste celule nu devin cancer invaziv. In acest caz, tratamentul, de regula, implica inlaturarea pe cale chirurgicala sau distrugerea tesutului implicat. Conizatia este o procedura care inlatura zona precanceroasa folosind un bisturiu, un laser sau o procedura cunoscuta sub numle de LEEP (procedura de excizare electrochirugicala cu fir metalic, care foloseste un curent electric ce trece printr-un fir subtire ce actioneaza ca un cutit. Crioterapia (inghetarea) sau terapia cu laser pot fi utilizate pentru a distruge zonele de tesut care contin modificari potential precanceroase.