Adesea chistul sinovial popliteu evolueaza spontan, fara nici un tratament, si se vindeca prin golirea in articulatie. Chistul fiind benign, nu trebuie facut in acest caz nici un tratament suplimentar.
Cateodata chistul persista, si daca este jenant, poate fi tratat prin punctie si infiltrare a unui produs cortizonic care faciliteaza scaderea dimensiunilor lui.
Paralel, pentru a evita recidiva, trebuie cautata si tratata cauza din interiorul articulatiei, eventual printr-o interventie chirurgicala, cum este cazul in leziunea de menisc de exemplu.
In cazurile rebele, cu persistenta jenanta a chistului, un tratament prin artroscopie este posibil: este vorba despre gasirea orificiului prin care sinoviala herniaza prin artroscopie si de largirea orificiului; se suprima astfel efectul de supapa al orificiului care este raspunzator de fenomenele dureroase. Insa acest tratament este prea recent pentru a afirma eficacitatea lui. In schimb tratamentul clasic prin chirurgie deschisa trebuie evitat pe cat posibil, datorita riscului important de recidiva a chistului.