Tratamentul encefalopatiei variaza in functie de cauza principala a simptomelor, prin urmare, nu toate cazurile de encefalopatie sunt tratate la fel. Cele mai bune tratamente sunt concepute de catre medicul curant odata ce diagnosticul principal al pacientului este pus. Tratamentele sunt foarte variabile, deoarece cauzele sunt atat de diferite.

Exemple pot arata modul in care diferite tratamente pentru encefalopatie se pot schimba in functie de tipul afectiunii:

• Anoxie pe termen scurt (de obicei mai putin de doua minute): terapie cu oxigen
• Anoxie pe termen lung: reabilitare
• Intoxicatie cu alcool pe termen scurt: fluide IV sau nici o terapie
• Abuzul de alcool pe termen lung (ciroza sau insuficienta hepatica cronica): lactuloza orala, eliminarea proteinelor din dieta, antibiotice
• Encefalopatie uremica (din cauza insuficientei renale): dializa, transplant de rinichi
• Encefalopatia diabetica: se administreaza glucoza pentru a trata hipoglicemia, se elimina glucoza din sange pentru a trata hiperglicemia
• Encefalopatie hipo sau hipertensiva: ridicarea (pentru hipotensive) sau reducerea (pentru hipertensivi) tensiunii arteriale

Cheia tratamentului pentru orice tip de encefalopatie este intelegerea cauzei de baza pentru ca astfel se poate stabili o linie de tratament.

Exista un tip de encefalopatie, care este dificil sau imposibil de tratat si anume encefalopatia statica (o stare de alterare mentala sau leziuni ale creierului, care sunt permanente). Cel mai bun lucru care se poate face in cazul encefalopatiei statice este un tratament pentru a evita deteriorarea in continuare si incercarea de a maximiza functiile individului.