Un reflux gastroesofagian exista in mod fiziologic, acesta devine insa patologic atunci cand toleranta mucoasei esofagiene la agresiune este depasita.

Factori de agresiune
Factorul de agresiune asupra mucoasei este reprezentat de fluidul refluat in esofag. Efectul sau nociv este realizat prin actiunea acidului clorhidric (produs in stomac), a pepsinei (enzima produsa tot in stomac cu rol in digerarea proteinelor) si a sarurilor biliare (deversate initial in duoden si apoi refluate in stomac) asupra mucoasei esofagiene. Acidul clorhidric reprezinte de departe cel mai important agent nociv al mucoasei.

Factori de protectie
Organismul insa, in mod normal, prezinta mecanisme de protectie impotriva efectelor daunatoare ale refluxului: pozitia verticala a corpului (lichidul refluat curge inapoi in stomac datorita gravitatiei), reflexul de a inghiti lichidul refluat, producerea de catre glandele salivare de bicarbonat (bicarbonatul neutralizeaza cantitatea mica de acid care ramane in esofag). Atunci cand mecanismele de protectie sunt depasite de factorii de agresiune apare boala de reflux gastroesofagian (BRGE).